国自然热点怎么蹭,m6A RNA甲基化检测来助力

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近年来RNA上修饰逐渐成为研究的热点,包括N6甲基腺苷修饰(m6A)、N1甲基腺苷修饰(m1A)、甲基胞嘧啶修饰(m5C)、假尿苷修饰(Ψ)等。作为mRNA中最常见的甲基化修饰,m6A主要富集在mRNA的启动子区、终止密码子区附近。作为一种可逆化修饰,RNA既可以在甲基化转移酶的作用下发生m6A甲基化修饰,又可以在FTO、ALKBH5等酶的作用下发生去甲基化修饰。

2019年国家自然基金,甲基化研究资助金额约1.27亿元,项目总数达283项;其中医学科学部项目总数达221项,金额约9434万元,生命科学部项目总数62项,金额约3235万元。

从2011年到2019年,甲基化研究的项目数和资助金额整体都呈上升趋势,2019年较2018年有明显的上升,这可以看出,甲基化研究已然成为国自然研究的热点。

今天小编就来带大家一起看看甲基化研究中近一两年的宠儿——m6A 甲基化的检测方法。

早在上世纪70年代,人们已经在真核生物的mRNA和lncRNA中发现了m6A修饰。但是受到技术手段的限制,检测m6A尤其是对m6A进行定量,甚至是从单碱基水平鉴定m6A,一直进展缓慢。近年来,随着高通量测序技术(next generation sequencing, NGS)的发展以及液相色谱灵敏度的提高,科学家们在此基础上发展了多种m6A检测方法。现在常用到的m6A定量及检测的方法有6类,具体方法包括:MeRIP-seq、比色法、miCLIP-seq、LC-MS/MS、m6A-IP-qPCR、Dot blotting检测。

  • MeRIP-seq

目前,在全转录组范围检测m6A修饰的主流技术是MeRIP-seq(m6A-seq),该技术使用N6-甲基腺嘌呤抗体富集高甲基化的RNA片段,然后结合高通量测序,在全转录组范围检测m6A修饰。它可以解决细胞分化,生物发育、疾病发生发展等生物学问题。


  • miCLIP-seq

miCLIP-seq属于高通量测序手段,这种方法也会用到m6A抗体,但是会使用紫外交联的方法进行免疫共沉淀,是利用m6A抗体和紫外交联的方法进行免疫共沉淀,可研究单碱基水平的m6A。

  • LC-MS/MS

它是在液相质谱的基础上采用串联质谱,我们通常也会叫它“液相二级质谱”,它能够检测mRNA整体的m6A水平,能够获得分子离子峰和碎片离子峰,可对碱基同时进行定性和定量分析。

  • 比色法

比色法与LC-MS/MS比较相似,也是从整体水平上检测RNA上m6A甲基化水平。相对于LC-MS/MS较为繁琐的操作,比色法更为简便。研究人员既可以提取总RNA,也可以利用oligodT磁珠富集mRNA。

  • m6A-IP-qPCR

所谓m6A-IP-qPCR也叫MeRIP-qPCR,即利用m6A抗体在富集到带甲基化修饰的RNA后,进一步使用qPCR直接对富集到的RNA进行定量的一种技术。这种技术可以做到对发生甲基化的RNA进行相对定量,是一种低成本的检测方法。可对发生RNA甲基化的基因进行相对定量检测,另外需注意甲基化程度高低还要和基因本身的转录水平相结合。

  • Dot blotting

Dot blotting,即斑点杂交检测技术,与其他几类检测技术相比较,使用Dot blotting检测mRNA中m6A甲基化总体水平的操作相对更简单、快速且成本较低。

以上就是大火的m6A甲基化检测方法了,赶快收藏起来备用!

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作者
这家伙很懒,什么都没有留下